A denevérek kutatása Magyarországon nagy múltra tekint vissza. Miskolczi Gáspár 1702-es, Egy jeles vadkert című munkájában röviden már ismertette ezt az állatcsoportot, ám az első tudományosnak mondható művek, leírások csak az 1800-as években láttak napvilágot. A kor legjelentősebb denevérkutatói – Petényi Salamon, Jeitteles Lajos, Frivaldszky Imre, Frivaldszky János, Daday Jenő – több tucat cikkben tették közé eredményeiket, amelyek alapján húsz fajból álló lista állt össze az akkori Magyarország területére vonatkozóan. Méhely Lajos rendszerezte, kiegészítette az összegyűlt ismereteket: a Magyarország denevéreinek monográphiája című munkája a századfordulón jelent meg. A kötet húsz faj – közülük a hosszúlábú denevér (Myotis capaccinii) az egyetlen, amely ma már nem fordul elő hazánkban – részletes, ábrákkal illusztrált leírását tartalmazza.
A két világháború között tevékenykedő kutatók főleg egy-egy barlang denevérfaunájával foglalkoztak. Az újabb átfogó kutatások elindítása és a denevérgyűrűzés megkezdése Topál György nevéhez fűződik. Ő a szerzője A Kárpát-medence denevéreinek elterjedési adatai című műnek – amelyet az addigi eredmények összegzéseként 1954-ben adtak ki –, valamint a Magyarország Állatvilága sorozat részeként megjelent, Denevérek–Chiroptera című, még ma is alapmunkának tekintett denevérhatározónak.
A denevérkutatás 1990-től élénkült meg újra. A Magyar Denevérkutatók Baráti Köre, amely sok fiatal kutatót indított útjára, 1992-ben alakult; ezt követően országszerte számos denevérekkel foglalkozó csoport, civil szerveződés jött létre, és egyre több természetvédelmi szervezet vett fel programjai közé denevérfaunisztikai vizsgálatokat, denevéres kutatási témákat.